宝宝房间隔缺损大致分为内在因素的和外部因素的两类，其中以后者多见，内在因素主要与遗传有关，特别是染色体易位和畸变。先天性心脏病患者子女的心血管畸形的发生率比预计发病率明显的多，外部因素中较重要的有宫内感染，尤其是病毒感染，如风疹，腮腺炎，流行性感冒及柯萨奇病毒等；其他如妊娠期接触大剂量射线，使用某些药物，患代谢性疾病或慢性病，缺氧，母亲高龄等，均有造成宝宝房间隔缺损的危险。