肚脐疼痛的原因有，克罗恩病，小肠和/或结肠的炎症性肠病，可以引起肚脐部位出现剧烈的痉挛性疼痛。消化不良，肚脐上方腹胀、胀气时，往往是因为消化不良。阑尾炎，阑尾是位于大肠和小肠相遇处的小器官，阑尾炎的最初症状通常是肚脐周围疼痛。胆结石，胆结石是胆囊内由胆固醇堆积而成的小而坚硬的沉积物。