灰黄霉素仅对浅部真菌性感染有效。副作用主要有:泌尿系统可以出现蛋白尿、管型尿以及非特异性沉渣异常；消化系统可以出现黑舌苔，舌痛，口角炎以及味觉障碍，常见上腹不适，恶心，腹泻及食欲不振等；肝脏可以引起丙酮酸氨基转氨酶升高，长期应用可引起肝癌；神经系统的不良反应主要为嗜睡，头晕，疲劳，精神错乱，抑郁等，因其副作用较多，现临床已很少使用。