黄连上清丸的作用是清热通便，散热通风。临床用于上焦风热引起的头晕脑胀，牙龈肿痛，口舌生疮，眼红目赤，大便干燥，耳痛耳鸣，小便黄赤等。由于该药物成分中有黄连，黄柏，石膏，栀子，大黄等药性寒凉之品，会影响脾胃的运化功能，故脾胃虚寒者禁用。