生殖器尿道疼，首先要考虑泌尿系的感染，包括淋球菌、非淋球菌性的尿道炎，以及生殖器的疱疹，还要考虑尖锐湿疣、梅毒，甚至衣原体、支原体的疾病，还有滴虫病都有可能。对于男性还要考虑前列腺炎，女性可能还要考虑妇科方面的问题，不仅仅是尿道炎。可以多次复查尿常规，以及必要时检查分泌物的常规，查找可能存在的病原体，比如淋球菌、衣原体、支原体等可能存在的病原体。