儿童扁桃体切除手术可能伴随部分并发症，如术后创面的出血、疼痛或创面感染导致的发热。但任何一种并发症都在医学可控的范围内，均有合适的方法与手段予以解决。若患儿的扁桃体符合扁桃体手术切除的指征，如扁桃体过于肥大导致吞咽障碍、呼吸障碍或反复炎症，导致患儿免疫力无法正常建立。