非淋菌性尿道炎可引起一系列并发症。可造成性功能障碍，如性欲减退、阳痿、早泄等，男子不育，植物神经功能紊乱，如烦躁易怒、精神萎靡、失眠多梦乏力等。非淋菌性尿道炎合并附睾炎者，会导致梗阻性无精子症，造成男性不育。另外，非淋菌性尿道炎还会导致睾丸炎、输精管炎等疾病。