在临床上出现胚胎停止发育的情况，最常见的原因就是胚胎基因缺失所导致的，一旦发现停止发育，及早的终止妊娠，以免时间过长而引起凝血功能障碍。孕妇的某些疾病也会造成胚胎停止发育，严重的肝肾功能衰竭，或者出现高烧的情况，也会导致胚胎停止发育。突然的噪音刺激也会导致胚胎停止发育。