巧囊做手术是最好的，现在有腹腔镜手术，这种手术是一种微创手术，在腹腔镜下做巧囊剥除术，效果也是非常好的。但是，巧克力囊肿很容易复发，如果有生育要求，做完这种手术要积极进行备孕，做完这种手术最好应用3个月抑制来月经的药物，可以延缓这种疾病的复发。另外，巧囊穿刺手术已经不做了，因为穿刺手术很可能会引起囊内液体进入到腹腔，会加重巧囊症状，会加重痛经症状，容易引起盆腔粘连。