全麻胃镜、肠镜一起做会使检查时间延长，麻醉用药量增大，副作用就会增加，从而有可能会引起恶心、呕吐胃肠道反应，以及呼吸系统障碍等不良反应，如果减少麻药用量，有可能检查还没有结束麻醉药效降低，增加患者检查的痛苦。胃镜检查是从口腔插入镜子，而肠镜检查是从肛门插入镜子，全麻胃镜、肠镜对于身体虚弱者，不可同时检查。