检查幽门螺旋杆菌是可以喝水的，在临床上检查是否有幽门螺旋杆菌感染主要是进行碳13和碳14呼气实验，不需要检查胃镜，因此可以不用担心，在检查幽门螺旋杆菌之前，可以正常饮水，检查如果有幽门螺旋杆菌感染，应该积极与主治医生沟通，选择三联或者是四联疗法进行治疗，才能有效治愈该病，治疗期间要定期到医院复查。