射频消融术是治疗心房颤动安全而有效的方法，但是手术以后也有可能会有后遗症。做射频消融手术的时候，如果有栓子脱落，有可能形成栓塞，可能导致脑栓塞、肢体动脉栓塞、肠系膜动脉栓塞等。因为左心房后方紧邻食管，如果消融损伤发生这个位置，有可能造成心房和食管连通，形成心房食管瘘。射频消融手术以后也有可能会导致心律失常。如果术前有5到10年的持续性房颤病史，手术后有可能复发。