小儿肠套叠起病原因比较多，但是没有一个具体原因可直接导致肠套叠的发生。临床来讲，较常见的是婴幼儿时期饮食、食物习惯的改变，譬如正在吃母乳，开始改为半流质或者吃粥、米糊类型食物时，因为食物性质改变，肠道消化功能会有一个适应过程，有些孩子出现消化功能紊乱，或者出现肠道蠕动增快，就会导致肠套叠的发生。还有腺病毒感染也会导致肠套叠的发生。平常熟悉的肠炎，细菌性痢疾等有时也会导致肠套叠的发生。