肛瘘手术主要是要把内口，瘘管以及外面的脓腔清理干净。一般的做法是准备一根银丝探针，把探针从瘘管的外口向里探进去，循着瘘管的走行方向，最终由内口穿出来。然后在探针的尾端系一根橡皮筋。当探针从瘘管里面抽出来的时候，顺带就把橡皮筋拉进瘘管中了。这时候提起橡皮筋，把瘘管内口和外口之间的皮肤切开部分，然后拉紧橡皮筋，使它处于一种持续的弹力状态，用丝线把它结扎住。