电磁波治疗仪主要危害性有以下几种：针对心脏附近进行照射，如果病人安装了心脏起搏器，电磁波有可能会影响心脏起搏器，导致心脏起搏器功能异常，有可能会发生生命危险。对局部的皮肤软组织有危害，由于其产生热量过度而导致烧灼伤使局部疼痛，严重时会出现水疱形成。对有凝血功能障碍的患者，令其出现皮下毛细血管自发性破裂、出血，导致皮下血肿形成。