肠镜可以分为小肠镜、胶囊肠镜、结肠镜以及直肠镜。因此小肠以及结肠的病变肠镜均可以检查，常见的病变包括小肠间质瘤、溃疡性结肠炎、克罗恩病、结肠黑变病、肠结核、结直肠癌、肠息肉等。此外小肠镜还可以观察食管、胃以及十二指肠的情况，可以明确是否存在食管炎、食管息肉、食管癌、萎缩性胃炎、胃十二指肠溃疡、胃癌等。