藿香正气水的主要功效是发表散寒、化湿和中。临床上常用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒症状，主要是针对脘腹胀痛、呕吐腹泻、胃肠型感冒进行治疗。因其有发表散寒的作用，因此针对外感风寒导致的发烧症状也是有效的。但如果针对其他原因导致的发烧，如感染性腹泻、泌尿系感染等，使用藿香正气水是没有治疗效果的。如果是感冒引起的中等程度以上的发热，患者需要服用退热药物布洛芬或对乙酰氨基酚片进行治疗。