怀孕40天可以吃药物流产药物终止妊娠。但是首先要做B超检查，明确是宫内妊娠，同时白带常规检查，血常规等检查没有明显异常，并且没有药物流产的禁忌症，比如各种内分泌疾病，血液病，心血管疾病，结肠炎，过敏，体质，妊娠剧吐，青光眼，哮喘等，才可以在具有抢救条件的医院的医师的指导下服用。服药的过程中，注意观察阴道流血情况，以及妊娠囊排出的症状。