扁桃体和甲状腺是两个不同的器官，在位置功能等方面都有很大的区别。比如扁桃体是一种淋巴器官，也就是俗称的免疫器官，主要是分泌淋巴细胞和抗体的，是可以达到防御病毒和细菌的目的。而甲状腺是一种内分泌器官，在脖子的前下方，在胸骨的上方，主要的作用就是分泌甲状腺激素以及降钙素，从而达到调控人体的代谢和生长发育的目的。