肛瘘的诊断较为简单，首先可通过患者的临床表现做出诊断，随后可进行肛周的专科检查，查看肛周是否有破溃的外口，肛门指诊时是否可触及皮下条索状管道从外口通向肛门内，如是则可诊断为肛瘘；除此之外，还可进行核磁、三维超声、腔内超声等检查辅助于诊断；目前的肛瘘手术多是微创手术，但在术后仍会有肛门部的轻微胀痛，在排除复发和感染的因素外，对于术后肛门轻微胀痛可不做特殊处理，正常换药或坐浴、及时复查即可。