小腿肌间静脉血栓的主要危害，是会造成患者出现深静脉血栓，因为肌间静脉与深静脉相连，一旦肌间静脉血栓没有很好地进行治疗，造成肌间静脉血栓病情进展，就会造成患者出现小腿深静脉血栓。而小腿深静脉血栓一旦形成，会造成患者出现血栓脱落，造成肺梗塞的可能，而肺梗塞对患者的生命具有危险性。