灵芝孢子粉的长期吃的害处，主要在于影响病人出现过敏的情况。皮肤过敏出现红、肿、热、痛，甚至皮疹、药疹，还有诱发黏膜水肿，喉头水肿等需紧急治疗。灵芝孢子粉长期应用对儿童没有好处，因为可能含有类激素的作用，不利于儿童应用。另外灵芝孢子粉还可影响凝血功能，容易使患者出现牙龈出血、肠道出血等情况。