免疫系统疾病是指所有影响骨骼、关节及周围软组织的疾病。如肌肉、囊、肌腱、肌膜、神经等，其病因可分为感染性、免疫性、代谢性、内分泌性、退行性、遗传性、肿瘤性等。它可以是系统的，也可以是有限的。免疫系统临床常见病有系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎、多发性肌炎、系统性硬化、血管炎、强直性脊柱炎、骨关节炎等。