生殖器水泡可采用药物治疗，一般分为口服和外用两种，由于引起生殖器水泡的因素较多，可能是细菌感染，也有可能是病毒感染等，所以具体采用哪种药物应根据病情来定。此外，在治疗的过程中要做好护理工作，勤换内衣裤，每天清洗私处，保持干燥和清洁。