巧克力的囊肿中药是可以治疗的。巧克力的囊肿是子宫内膜异位症，中药进行治疗配合针灸会有一定的辅助作用，坚持服用中药的情况下，也可以有很好的治疗效果，中药治疗大多数都是以消症散结和活血化瘀为原则。如果巧克力囊肿体积比较大，或者是保守方式，治疗效果不明显的情况下一定要选择手术的方式进行切除。