蓝芩口服液和双黄连口服液的主要区别是在于两种药物的成分有所不同，蓝芩口服液相比较双黄连口服液而言，抗病毒的能力更强，但是对于呼吸道的症状，如鼻塞流涕等不如双黄连口服液。我们在选用中成药来进行治疗时，需要根据症状的不同，选用药物的侧重点也有所区别，另外，中成药也会有相对的副作用，因此，在服用时需要严格的按照说明书或者医嘱来进行，避免药物服用过量而出现相应的副作用等情况。