环磷酰胺可引起严重的胃肠道反应，如恶心、呕吐。此时，胃复安（胃复安）和多潘立酮（多潘立酮）可作为胃动力药物。但对于需要生育的年轻患者应该慎用。不宜多次使用以免丧失生殖功能。代谢产物可引起严重出血性膀胱炎，本品也可引起膀胱纤维化。此外，环磷酰胺可以杀死精子，但它是可逆的。当剂量过高时，可引起心肌损伤和肾毒性。常规剂量不产生心脏毒性，但当高剂量时会产生心肌坏死和偶尔的肺纤维化。