治疗肛瘘的药物有青霉素，甲硝唑等。也可以使用四环素对疾病有缓解不错的效果，也可以通过生理盐水清洗以后，注入生物蛋白胶来进行治疗。也可以使用一些抗生素的药物来进行控制感染，每天晚上睡觉之前也可以采取1:5000的高锰酸钾溶液进行浸泡，一般也是可以得到消炎的作用。