失眠可能会导致的器质性病变有消化系统疾病、心血管疾病，部分会出现癌症。因为慢性失眠会导致出现焦虑及抑郁，而焦虑及抑郁又会加重失眠，形成恶性循环。长期失眠的会出现消化不良，如腹胀、食欲减退、嗳气、反酸，严重时会出现消化道溃疡。另外长期失眠的会导致冠心病、血脂异常等，会造成动脉粥样硬化。部分失眠比较严重的由于长期睡眠不佳，可能会导致基因突变而出现癌症。