三个月宝宝脚上长很多透明水泡有可能是身体长水痘的原因导致的，还有可能是由于感染了疱疹病毒引发的。最好立即带宝宝去医院的皮肤科进行检查，尽量不要盲目的给宝宝涂抹一些药膏，避免出现感染的情况，而且在治疗期间需要保持身体卫生，尽量不要让宝宝去抓挠。