打乙脑疫苗后发烧39度可能是一种正常的现象。因为在打过疫苗之后都有可能引起出现短暂发烧的情况发生，最好是观察两天以上，如果一直发烧的话，最好去医院做一个相关的检查，看一下是否出现了过敏反应，可以通过冷敷的方法来进行缓解。一定要到正规的医院做接种的疫苗。