大拇指指甲凹陷可能是因为缺乏维生素和微量元素，而体内缺乏维生素和微量元素，一方面可能是是因为平时饮食方面营养不良。也有可能是因为肠胃比较虚弱，吸收不好。体内内部因素还有可能是因为体内有寄生虫。此外，缺铁性贫血也会引起指甲凹陷。而从体外来说，手部的湿疹和银屑病等等疾病也会引起指甲凹陷。