甲钴胺发生不良反应的几率为6%左右，偶尔会出现过敏的反应，可能会出现一些皮疹。还会导致食欲不振，可能会出现恶心、呕吐、腹泻的症状，停止服用药物之后，不良反应会消失。甲钴胺虽然是一种B族维生素，但是孕妇和哺乳期妇女要谨慎服用，要在医生的指导下合理用药。