睡觉被口水呛醒还咳嗽很可能是由于出现了反流性食管炎所造成的，需要到医院进行一个相关的检查，明确病因以后再进行针对性的治疗。如果出现了反流性的食管炎，可以结合一些头孢或者阿莫西林的一些药物来进行治疗，睡觉的时候应该适当的抬高上腹部，以免导致出现炎症更加严重。