肝素钠注射液最常见的副作用是出血，所以每次注射前应测定凝血时间。如注射后引起严重出血，可静注硫酸鱼精蛋白进行急救。常见的不良反应为寒战、发热、荨麻疹等过敏反应，少数患者会出现气喘、鼻炎、流泪、头痛、恶心、呕吐、心前区紧迫感、呼吸短促甚至休克。皮下深部注射肝素后，可能出现局部刺激、红斑、轻微疼痛、血肿、溃疡症状，肌肉注射后以上症状更严重，因此肝素钠注射液不能采用肌肉注射。