月经干净后两天同房出血的原因是子宫没有完全的恢复，也有可能是宫颈糜烂同房过早而引起的出血。如果出血的量不是太大，不会有疾病的可能性。大多数情况下月经干净三天以后住在一起比较好，日常生活中注意自己的卫生，避免不洁的性生活，月经期间应该注意保暖避免受凉吃清淡性的食物。