二者所含中药组成不同，功效不同，治疗作用不同。补中益气汤主要功用是补中益气，升阳举陷，主治为中气不足证，气虚下陷证以及气虚发热之症，临床可见少气懒言，倦怠乏力，饮食减少，面色恍白，大便稀溏，或者脱肛，子宫脱垂，久泻久痢，崩漏，气短乏力，或者身热自汗，渴喜热饮，是补气生提的作用。而金匮肾气丸的功用是补肾助阳，用治肾阳气不足证，临床可见腰痛脚软，半身以下有冷感，小便不利，阳痿早泄，本方针对是肾中阳气不足，水液代谢失常而设。二者治疗功效完全不同。