早上起来肚子疼的原因可能是以下几种：一、受凉引起的，病人晚上睡觉未盖被子，使腹部受凉而导致早上起来肚子疼。二、可能是胃或者十二指肠疾病，早上起来空腹肚子疼，考虑可能是十二指肠相关疾病的可能性大，比如十二指肠溃疡；或前一日饮食不洁，导致急性胃肠炎，晨起后发病而引起肚子疼。三、肚子疼还可能是肝胆疾病，比如肝炎、胆结石等。四、肚子疼还有可能是胰腺炎，胰腺炎多见于饮酒或者暴饮暴食后。五、阑尾炎，阑尾炎往往是出现转移性腹痛。六、肚子疼还不能排除有心脏疾病的可能，尤其是缺血性心脏病，多见于中老年患者，常见剑突下疼痛。七、如果肚子疼是女性，不排除是因为月经期、怀孕期或卵巢囊肿蒂扭转等妇科情况。总之，肚子疼的疾病有很多，需要具体情况具体分析。