卡培他滨副作用主要表现在消化系统和皮肤黏膜改变。在消化系统主要的副反应是可逆性的胃肠道反应，包括腹泻、大便不成形、排便次数增加、腹部钝痛、胀痛或绞痛，还有食欲不振、恶心、呕吐等胃肠炎表现。在皮肤黏膜的改变，临床称之为手足综合征，主要表现为手足麻木、感觉迟钝、感觉异常、麻刺感和疼痛感、皮肤肿胀、红斑、脱屑，甚至出现水疱、手足末端出现色素沉着等皮炎改变。其他一般的不良反应主要有黏膜炎、发热、虚弱、嗜睡、精神不振、个别有头痛、感觉异常、眩晕、失眠、心悸、心前区不适、白细胞减少、贫血等症状，但临床都不严重。