儿童打虫药是有一些副作用的，其中少数病例有口干、乏力、嗜睡、头晕、头痛以及恶心、上腹部不适等消化道症状，但都比较轻微，不需要处理，停药后会自动缓解。其中治疗囊虫病，特别是脑囊虫病时，主要是因为囊虫死亡会释放出的异性蛋白，多于服药之后2-7天发生，出现头痛、发热、皮疹、肌肉酸痛、视力障碍、癫痫发作等应该采取相应的措施，必要时可以应用肾上腺皮质激素，降颅压、抗癫痫等治疗。因为治疗囊虫病和包虫病时，用药剂量比较大，疗程较长，有时可以出现谷丙转氨酶的升高，大部分在停药过后也会逐渐的恢复正常，不会有上述不良反应，只有少数病人在服药3-10日会出现驱虫效果，大部分情况下都不会有不良反应。