痰培养并不是下呼吸道感染最理想的诊断手段，诊断的敏感性及特异性并不高。但是痰是最方便和无创伤性的病原学诊断标本，在抗生素使用前收集一份高质量的痰标本，及时送检，再加上临床医师和丰富经验的微生物医师的密切配合，约一半患者可以明确病原学的诊断。留痰之前应该先用清水漱口，深咳痰排出下呼吸道的分泌物，收集在无菌容器中。痰量也有要求，怀疑普通细菌感染时痰量应该大于1ml，真菌和寄生虫感染需要3-5ml，分枝杆菌感染需要5-10ml，但是如果怀疑肺部厌氧菌感染，痰并不是适合的标本。痰液在收集1-2个小时内应该送检，痰培养的阳性率才最高，如果不能及时送检，应该置于4℃保存。合格痰的标准是镜检鳞状上皮细胞小于10个每低倍镜视野。