无痛肠镜由于肠管比较松弛，操作容易进行，可以提高肠镜检查的准确性，但由于患者麻醉后疼痛反应消失，有可能产生并发症的风险，就是副作用。因此由经验丰富操作熟练地内劲医师来完成，麻醉期间有部分患者，因为胃内容物反流至气管引起误吸，或者麻醉后血压下降，心率失常等都可能带来危险，所以有冠心病，高血压，糖尿病，哮喘，支气管炎，支气管扩张，肺气肿等禁忌症的患者，需要麻醉医师进一步评估检查来决定。麻醉后，有一部分患者可能有头晕等不舒服，所以不要驾驶汽车，骑电动车，高空作业或进行精细工作的，最好不要饮酒，孕妇有药物成瘾的患者不建议行无痛检查。