核磁共振根据其不同的成像特点，可以用于诊断神经外科很多疾病，比如脑膜瘤、胶质瘤、听神经瘤、癫痫、脑梗死、颅内血管狭窄、颅内血管硬化、动静脉畸形、动脉瘤、面肌痉挛、三叉神经痛等。对于急诊检查，一般10-15分钟左右出结果；对于门诊病人，一般4-6个小时左右出结果；对于住院病人，一般第2天上午出结果。每个医院情况略有差异。磁共振检查的绝对禁忌症，为已安置心脏起搏器患者，因为强磁场会破坏心脏起搏器，从而危及患者的生命。相对禁忌症为疑有眼球内金属异物、妊娠三个月内的孕妇。对于急性颅脑损伤、颅骨骨折、颅内出血急性期及钙化病灶者，首选CT检查。