胃肠间质瘤它起源于胃肠道间叶组织的软组织肿瘤，肿瘤细胞可以呈梭形、上皮样，偶有多形性。胃肠道间质瘤占胃肠道恶性肿瘤的0.1%到3%，其中10%到30%的病例，属于高度恶性，容易发生肝脏转移，所以说胃肠间质瘤，是一种具有潜在恶性倾向的肿瘤。目前判断良恶性的经典根据是肿瘤大小和有丝分裂指数来评估。比如，肿瘤直径小于2厘米，核分裂指数五十高位视野小于五个认为是良性的。肯定为恶性的指标，经临床证实有远处转移，第二个就是证实侵润到邻近脏器。当然也有研究结果认为，胃肠间质瘤的良性、交界性及恶性病例的分布与部位有关，发生在胃或者是肿瘤直径小于5厘米的，可以表现为良性；发生在小肠，体积大的多为恶性。