停经三个月，如果能够排除早孕的可能，最有可能的就是下丘脑性的闭经。正常月经建立和维持有赖于下丘脑-垂体-卵巢轴的神经内分泌调节，靶器官子宫内膜对性激素的周期性反应和下生殖道的通畅，其中任何一个环节发生障碍，都有可能导致闭经。首先，需要排除青春期前、妊娠期、哺乳期和绝经后期的生理性停经。正常生理周期的女性，如果有性生活史出现停经，首先要考虑是否有怀孕的可能，如果已经排除怀孕，最有可能的就是下丘脑性的闭经，可能由于精神刺激，体重变化过大，生活习惯和生活环境发生改变，过量运动或者是饮食，用药以及疾病等因素引起的。这种停经排除诱因后是可以自行恢复的，不需要用药。但是如果停经时间过长，容易导致内分泌紊乱加重，如果停经超过三个月，需要检查子宫内膜的厚度，体内的性激素水平，根据检查结果对症用药。