一旦受感染可有数周到六个月的潜伏期，大多数被感染的婴儿表现为亚临床过程，新少儿出生时多无症状，常在一到六个月间有慢性抗原血症以及转氨酶的持续增高，有时仅在六到十二个月时间出乙肝病毒表面抗原的抗体，部分病例出现临床症状如黄疸、发热、肝大、粪色变浅、纳差，实验室检查出轻度肝功能异常或仅有转氨酶的升高。血清胆固醇增高，以结合胆红素增高明显，而后恢复或者呈慢性肝炎的过程，极少数病例呈爆发型，黄疸出现后迅速加重，短期内发展到肝性脑病、出血等肝细胞衰竭症状，死亡发生快、预后差。如能存活还可望肝组织恢复正常，很多感染的婴儿成为慢性携带者，是日后发生肝癌和肝硬化的潜在危险。随着新生儿乙肝疫苗的普遍接种，儿童无症状的乙肝病毒携带率已经明显的下降。