三个月宝宝睡觉老是摇头的原因有：一，宝宝得了湿疹。湿疹是一种常见的皮肤疾病，大部分的宝宝出生后都会有都程度不同的湿疹，孩子感觉到湿疹很痒，但是孩子年龄小，不会用语言来表达自己，自然会选择用身体语言知会妈妈自己不舒服，造成宝宝睡觉不断地摇头就是宝宝的一种表达方式。二，宝宝增长速度快导致缺钙，宝宝生长太快会出现暂时缺钙，缺钙的孩子会有以下反应：摇头和擦枕，肋骨外翻、睡眠不安、夜啼，缺钙严重影响宝宝的生长发育，这就要求父母必须定期为婴儿检查身体，如微量元素的检测，三个月一次最合适，宝宝缺钙头皮发痒会出现发抖症状，伴有盗汗。三，头皮瘙痒症，卫生不好，长时间不洗头会使宝宝头皮不适，宝宝不能说话，通过摇头告诉父母。