奥硝唑通常具有良好的耐受性，用药期间可能会出现下列副作用：消化系统：包括轻度胃部不适、恶心、口腔异味等；神经系统：包括头晕及困倦、眩晕、颤抖、四肢麻木、痉挛和精神错乱等；过敏反应：如皮疹、瘙庠等；其他：白细胞减少等。奥硝唑适用于：腹部感染如胞膜炎、腹内脓肿、肝脓肿等；盆腔感染：子宫内膜炎、子宫肌炎、输卵管或卵巢脓肿、盆腔软组织感染、嗜血杆菌、阴道炎等；口腔感染：牙周炎、肩周炎、冠周炎、急性溃疡性龈炎等；外科感染：伤口感染、表皮脓肿、褥疮、溃疡、感染、蜂窝组织炎、气性坏疽等；脑部感染：脑膜炎、脑脓肿；败血症、菌血症等严重厌氧菌感染等。还可用于手术前预防感染和手术后厌氧菌感染的治疗。和治疗消化系统严重阿米巴虫病，如阿米巴痢疾、阿米巴肝脓肿等。