一般来说做肠镜其实并没有明显的危害，但是有一些患者确实不太赞成做肠镜，比如肛门、直肠有明显的化脓性的炎症，比如有肛周脓肿，或者存在着明显的肛裂等一些疼痛性的病灶。这个时候如果进行肠镜的检查，就有可能会导致一些感染的扩散，或者是引起患者无法忍受的疼痛。另外就是一些各种急性肠炎、严重的缺血性的一些疾病，比如一些细菌性的痢疾活动期，溃疡性的结肠炎的一些急性期，这个时候肠道炎症容易充血水肿，肠壁组织比较薄。如果进行肠镜的话，是容易发生一些肠穿孔的，另外就是一些腹膜炎和肠穿孔的情况下，要暂时避免肠镜的检查。