宝宝的囟门凹陷有以下几种原因：1、最常见的原因是宝宝的身体内缺水，如腹泻后没有及时补充水分，前囟门凹陷下去，出现这种情况，需要尽快的请儿科专业医生为宝宝补充液体，以防脱水。2、如果是医疗行为，为了给宝宝降低颅内压，使用了大剂量的脱水剂，从而使前囟门脱水而凹陷，应该在专业医生的指导下，及时给宝宝的身体补充水分，以防脱水过度，造成体内代谢紊乱。3、由于喂养不当或疾病的影响，导致宝宝营养不良、消瘦，宝宝的前囟门也经常会出现凹陷的情况，在医生的指导下合理膳食，及时的治疗疾病，宝宝的营养跟上了，这种现象就会消失。